Monthly Archives: June 2014

有機分子の構造を表示するアプリを、素人が調査した結果

龍一郎@技術担当です。iOSを中心に、有機分子の構造を表示するアプリについて、主にどういう技術を使っているのか素人が素人なりに調べました。

僕が有機分子の表示方法を調べた理由

まさひろ「ものづくりをするためのスキルを身につけたい」
龍一郎「作ればいいじゃないの」
まさひろ「で、ノートアプリ作りたいんだよね!」
龍一郎(あ、これあかんやつや)
まさひろ「PECOノートっていうやつなんだけど…」
龍一郎「とりあえず何か、使ってみたい技術があればそれを使うってやり方でどう?」
まさひろ「薬剤の構造を表示するアプリを作って、構造眺めてニヤニヤしたい」
龍一郎(あかん、わからん)

かくして、参考事例の調査がはじまったのです。

分子グラフィックツール

で、何もなく調査は無理なので、まさひろさんに幾つかアプリを教えてもらって調べてみました。
ガチな調査じゃなくて、簡単にどんなものがあるのかな程度で。

1. ChemDoodle Mobile

  • 自分で作画して、かつ3D表示できる. 英語

  • ChemDoodle Lab. ChemDoodle Labの製品の一つ

  • ってことはChemDoodle WebComponents使って表示すればいけるんじゃないかな(HTML5のWebアプリとして実装)

2. 3D Molecues

  • ぱっと見、三次元に特化したようなアプリ. 英語
  • 実はOpenSourceなので、ここから開発すれば作れないこともなさそう
  • ただし、開発が2012年で止まっている(iPad Retinaが出たところまで)
  • 継続した別プロジェクトを探したほうが良さそう

3. PyMOL

  • 有料版, 無料版, JavaBased(JyMOL), モバイル版(PyMOL on the iPad)とある
  • 対応OSはWindows, OS X, iOSに加えOffice(AxPyMOL)となっている
  • 開発に使えそうなのはJyMOL(Java)しかないので、ここからの開発はちょっときつい

4. iMolview

  • iOSで閲覧可能
  • PDBから構造を検索・取得しているためデータに信憑性がある
  • ソースがないのでわからない

総評

  • 良かった点

    • 表示したい分子のデータ構造がある程度定まっている
    • 分子のデータ構造から表示する3D画像を作るOpenSourceのアプリがある
    • HTML5で作れそうなものが見つかった
  • いまいちだった点
    • 分子の構造を表すデータ形式が何なのかよくわからなかった
    • 最近活発に開発しているのってPyMOL一択なんじゃ
    • iOSネイティブのライブラリがあるのかどうか不明
    • 専門用語多すぎで撃沈しそう

次の目標

  • ChemDoodle WebComponentsが使えるかどうか試してみる
  • PyMOL で使っている技術と、それらのiOSへの応用性の調査

しんどいなあ。


iOSアプリで何か面白いもの創ろうぜ

iOS アプリ作成の勉強をしよう

【アイデア1】
PECOノート

あらかじめ
P:
E:
C:
O:
の入力表が用意されたもの

入力と保存、閲覧が可能.

【アイディア2】
薬の立体構造描写アプリ

薬の名前を入力

薬の立体構造が描画

複数の薬物の立体構造を見比べる・重ねることができるものだと嬉しい

今のところ参考となりそうなアプリ
【iPhoneでのApp store検索】
ChemDoodle Mobile (無料)
  自分で作画して、かつ3D表示できる. 英語

3D Molecues(有料)
  ぱっと見、三次元に特化したようなアプリ. 英語

【過去の自分が使っていたもの】
pymol (今は有料?)
linuxでの王道!ただし、自分はほとんど使いこなせなかった。。。

iMolview (有料)
iOSで閲覧可能
PDBから構造を検索・取得しているためデータに信憑性がある


【告知】平成26年度第3回薬剤師のジャーナルクラブ開催のご案内

平成26年度第3回薬剤師のジャーナルクラブを以下の通り開催いたします

ツイキャス配信日時:平成26年6月22日(日曜日)
■午後20時45分頃 仮配信
■午後21時00分頃 本配信
なお配信時間は90分を予定しております.

※フェイスブックはこちらから→薬剤師のジャーナルクラブFaceBookページ
※ツイキャス配信はこちらから→http://twitcasting.tv/89089314
※ツイッター公式ハッシュタグは #JJCLIP です.
ツイキャス司会進行は、精神科薬剤師くわばらひでのり@89089314先生です.
ご不明な点は薬剤師のジャーナルクラブFacebookページから、又はtwitterアカウント@pharmasahiroまでご連絡いただけると幸いです.

[症例10:葛根湯は総合感冒薬よりも優れているのでしょうか?]

【仮想症例シナリオ】
 あなたは、ドラッグストアに勤務する薬剤師です. インフルエンザも花粉症もシーズンを終え、忙しさのピークを過ぎて穏やかな毎日となったとある日の閉店間際、一人の女性が来局されました.
「漢方薬の、葛根湯って薬はあるかしら?市販の風邪薬よりも効くよって友人から言われたから、今すぐにでも飲みたいんだけれど…」
初めてお会いするこの女性に対して、少し詳しく話を聞くと、以下の事がわかりました.

・30代前半の多忙な会社員
・数時間前から咳、頭痛、咽頭部違和感(嚥下困難なし)、倦怠感あり、発熱不明
・普段は忙しくて、とても受診できるような時間的余裕はない
・総合感冒薬を飲んでも改善しなかった経験がある
・そのときは結局無理に仕事を休んで病院を受診して、抗菌薬(薬名不明)を貰ったが適当に服用しており、気がついたら治ったという
・妊娠・授乳なし

あなたは、市販薬と葛根湯とどちらが風邪により効果があるのか、その根拠の有無を確かめてみることにしました.

【文献タイトル・出典】
Non-superiority of Kakkonto, a Japanese herbal medicine, to a representative multiple cold medicine with respect to anti-aggravation effects on the common cold: a randomized controlled trial.
Intern Med. 2014;53(9):949-56. Epub 2014 May 1. PMID: 24785885
Pubmed:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24785885
フルテキストPDF:https://www.jstage.jst.go.jp/article/internalmedicine/53/9/53_53.1783/_pdf

[論文をどう目の前の患者に適応するのか?]
今回もEBM初学者であるわたくしが、恐れ多くもシナリオを作成させて頂きました.
「風邪っぽいけれど、どうも病院に行くには気が引ける、でもどの薬がいいのかはっきり分からない….」
「そんな患者さん(未満?)に、どうアプローチをすればよいのか…?」
そんな疑似体験・思考過程を、ぜひ皆様と共有させて頂ければ幸いです.

急性期疾患を扱う抄読会を開催するのは、我々としても初の試みです.
まだまだ至らぬ点は数多くあるとは思いますが、よりより抄読会となれるよう善処いたします.
どうぞよろしくお願い致します.

なお、論文を読むにあたってのワークシートはこちらを使用します.
ランダム化比較試験を10分で読むワークシート@syuichiao先生のブログより転用)

[薬剤師のジャーナルクラブ(Japanese Journal Club for Clinical Pharmacists:JJCLIP)とは?]
臨床医学論文と薬剤師の日常業務をつなぐための架け橋として、日本病院薬剤師会精神科薬物療法専門薬剤師の@89089314先生、薬剤師によるEBMスタイル診療支援で地域医療を考える病院薬剤師@syuichiao先生、そしてわたくし@pharmasahiroをコアメンバーとするEBMワークショップをSNS上でシミュレートした情報共有コミュニティーです.